上游有水茜溪、泉湖溪、中沙溪3条支流。
水茜溪,即东溪上游九县山至溪口段,境内河长36.8公里,流域面积335.4平方公里,上游有上谢溪、蕉坑溪、沿溪、杨城溪4条支流。
泉湖溪,发源于泉上镇联群村,一路纳细流23条,至溪口汇流入东溪主流,河长43.7公里,流域面积273.6平方公里。
中沙溪,发源于河龙乡仙山脑山麓,至饭罗墩汇入东溪主流,河长22.8公里,流域面积130平方公里,其上游和中游有雷家坪溪、樟南源溪、叶坊溪3条支流。