明清两代中央政府均设有监察机关即都察院。明代都察院下属有十三道监察御史，清代都察院下属有十五道监察御史。监察御史平时在京城都察院供职称为内差或常差，如奉命出巡盐务即为巡盐御史，奉命出巡漕运即为巡漕御史，奉命巡按地方即为巡按御史，均称外差或特差。而监察御史奉命外出担任巡按御史则是外差或特差当中最多的一项任务。
据《明史》记载，洪武年间即有巡按御史之设，然非常例。至永乐元年二月乙卯，遣御史分巡天下，遂为定制。全国巡按御史的分派是：“北直隶二人，南直隶三人，宣大一人，辽东一人，甘肃一人，十三省各一人。”另据《清史稿》记载，清初沿明制，设都察院，下有十五道监察御史。顺治初，又有巡按御史，每省各一人。
明代巡按御史在差遣点派、巡察事项、出巡事宜、回道考察等方面都有详细完备的遵循规则，形成了比较完善的巡按御史制度，并且在维护中央集权、查察整饬吏治等方面发挥了重要作用。清顺治年间基本上沿用了明朝的巡按御史制度。之后虽然不再设巡按御史，但仍有巡盐御史、巡漕御史、巡农御史等职官。雍正年间还曾置巡察各省御史。
明清两代的监察御史均为正七品官，品级虽然不高，但奉命巡按地方时职权和责任却非常重大。据《明史》记载：“而巡按则代天子巡狩，所按籓服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。诸祭祀坛场，省其墙宇祭器。存恤孤老，巡视仓库，查算钱粮，勉励学校，表扬善类，翦除豪蠹，以正风俗，振纲纪。凡朝会纠仪，祭祀监礼。凡政事得失，军民利病，皆得直言无避。有大政，集阙廷预议焉。盖六部至重，然有专司，而都察院总宪纲，惟所见闻得纠察。诸御史纠劾，务明著实迹，开写年月，毋虚文泛诋，讦拾细琐。出按复命，都御史覆劾其称职不称职以闻。凡御史犯罪，加三等，有赃从重论”。
明代巡按御史“代天子巡狩”，可见其位高；“大事奏裁，小事立断”，可见其权重；“凡政事得失，军民利病，皆得直言无避”，可见其职宽；“御史犯罪，加三等”，可见其责严。清代巡按御史沿袭明制，然只存在于清初顺治年间。
《明史》卷二百十三：明年四月，帝决计征讨。侍郎潘珍、两广总督潘旦、巡按御史余光相继谏，皆不纳。后遣毛伯温往，卒抚降之。
《明史》卷二百十三：广东巡按御史余光亦言：“黎氏鱼肉国君，在陈氏为贼子；抗拒中国，在我朝为乱魁。今失国，或天假手登庸以报之也。自宋以来，丁移于李，李夺于陈，陈篡于黎，今黎又转于莫。欲兴黎氏，势必不能。臣已遣官责其修贡。道里悬远，往复陈请，必失事机。乞令臣便宜从事。”
《明史》卷二百十三：王仪，字克敬，文安人。嘉靖二年进士。除灵璧知县。以能，调嘉定。七年擢御史，巡按陕西。秦府豪占民产，仪悉夺还民。延绥大饥，朝命陕西布政使胡忠为巡抚，仪论罢之。已，巡按河南。赵府辅国将军祐椋招亡命杀人劫夺积十余年，莫敢发。仪偕巡抚吴山奏之，夺爵禁锢。
《清史稿》卷五：乙酉，巡按御史顾仁坐纳贿，弃市。丁亥，谕曰：“国家设督抚巡按，振纲立纪，剔弊发奸，将令互为监察。近来积习，乃彼此容隐。凡所纠劾止末员，岂称设官之意。嗣有瞻顾徇私者，并坐其罪。”
《清史稿》卷二百四十四：国初循明旧，御史出为巡按。顺治七年罢，旋复设。八年，世祖亲政，特敕诫谕，并命都察院察访举劾。御太和殿，召新命诸巡按入见，赐坐宣谕。
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