漠北回纥王朝年代的古突厥语是用古突厥文字母写成的。多数回鹘语文献使用则用回鹘文字母写成,这种文字是在粟特文字母的基础上创制的。除此以外,维吾尔人还使用过摩尼字母、叙利亚字母、婆罗米字母来拼写自己的语言,在敦煌一带短暂地使用过藏文字母,主要是宗教经典为主。在元代亦有使用八思巴文字母来拼写回鹘语的印章。而契约文书则全部使用回鹘文字母拼写。14世纪由回鹘语演化而成的察合台语一般用阿拉伯字母书写。
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